現有的環狀RNA (circRNA)數據庫已經成為轉錄組學的基礎。但是目前常用的方法對于深度挖掘候選circRNA仍有限。基于這種情況，趙方慶教授團隊2020年在genome biology雜志發表了circAtlas數據庫的文章（CircAtlas: an integrated resource of one million highly accurate circular RNAs from 1070 vertebrate transcriptomes）。circAtlas數據庫基于從六個脊椎動物物種（人類，獼猴，小鼠，大鼠，豬和雞）的19個正常組織中收集的1070個RNA-seq樣本數據匯總了環狀RNA相關信息。該數據庫包含1,007,087個高度可靠的circRNA，其中81.3％以上已被組裝成全長序列。數據庫終不僅概述了它們的表達模式、保守性和功能注釋等信息，還描述了一種新的多重保護評分、共表達和調控網絡，用于circRNA注釋和排序。
百邁客基于CircAtlas數據庫在已知circRNA鑒定上開發了新的流程，在原有的circBase數據庫上同時增加了本數據庫中包含物種的circRNA信息，讓已知circRNA鑒定的結果更加完善，更加豐富。
案例應用
案例一：位點保守的環狀RNAcZNF292控制內皮細胞流動反應
英文標題：Locus-Conserved Circular RNA cZNF292 Controls Endothelial Cell Flow Responses
雜志：Circ Res
影響因子：17.367
背景：環狀RNAs（CircRNAs）是由大多數mRNAs的反向剪接產生的，作為一類控制各種細胞功能的新型調節性RNAs，正受到越來越多的關注。然而，鑒于其基因失活的固有挑戰，它們在體內的生理作用和功能保護很少得到解決。在這里，我們的目的是在小鼠和人類中鑒定位點保守的CircRNAs，這些CircRNAs由于保留了mRNA宿主基因中不包含的內含子元件而被遺傳刪除，從而最終解決功能保守問題。
結果：作者通過RNA親和純化和隨后的質譜分析鑒定了與內皮細胞中cZNF292特異性相互作用的蛋白連接體（SDOS）。SDOS或其蛋白結合伙伴Syndecan-4的沉默，或SDOS-cZNF292結合位點的突變，阻止層流誘導的細胞骨架重組，從而重現cZfp292表型。結合已發表的內皮細胞RNA測序數據集和circATLAS數據庫的CircRNAs，作者在小鼠和人類之間鑒定了保留內含子元件的位點保守的CircRNA。CRISPR/Cas9介導的頂端表達的CircRNA cZfp292基因缺失導致體內主動脈內皮細胞形態改變和血流排列異常。體外內皮細胞中cZNF292的缺失消除了層流誘導的細胞定向、帕西林定位和粘著組織的改變。
內含子circRNA篩選
案例二：環狀RNACircRHOBTB3通過調節HUR介導的PTBP1穩定性抑制結直腸癌轉移
標題：Circular RNA circRHOBTB3 represses metastasis by regulating the HuR-mediated mRNA stability of PTBP1 in colorectal cancer
雜志：Theranostic
影響因子：11.554
背景：結直腸癌（CRC）的腫瘤轉移是大多數患者死亡的主要原因，也是CRC綜合治療的主要難點。環狀RNA（CircRNA）影響實體瘤中的許多生物學功能。然而，它們在結直腸癌轉移中的作用機制尚不清楚
結果：作者發現circRHOBTB3在CRC組織和細胞系中表達明顯下調。此外，較低的circRHOBTB3水平與晚期臨床分期和更高的轉移風險顯著相關。circRHOBTB3過表達抑制結直腸癌細胞的腫瘤轉移。在機制上，circRHOBTB3結合于HuR (CRC發展中普遍表達的功能性RNA結合蛋白(RBP))，并促進β- trcp1介導的HuR泛素化。正常情況下，HuR與靶mRNA的3’UTR結合以促進其穩定，而circRHOBTB3和HuR的相互作用使HuR降低，從而降低下游靶蛋白PTBP1的表達水平。此外，在體內過表達的circRHOBTB3抑制肺轉移，而這種作用可以通過PTBP1的過表達部分逆轉。此外，FUS和ADARB2均可提高CRC細胞中circRHOBTB3的轉錄。其中，為了探索circRHOBTB3在CRC轉移的調控機制，作者首先篩選來自catRAPID，circAtlas，starBase和RBPDB檢索到的circRHOBTB3潛在的結合蛋白。根據結果，富含絲氨酸的剪接因子1（SRSF1）、FUS 和 HuR 可能與circRHOBTB3相互作用，然后使用生物素標記的探針circRHOBTB3進行RNA pulldown測定，結果證實circRHOBTB3可以與HuR互作但不與FUS互作，同時RIP分析也證實circRHOBTB3和HuR的相互作用。并且，為了更深入地了解circRHOBTB3的作用，作者根據 circAtlas數據庫，FUS可能與位于circRHOBTB3環化外顯子側翼的內含子結合。有趣的是，結果表明，沉默FUS強烈地抑制了circRHOBTB3的表達。
CircRHOBTB3潛在結合蛋白鑒定
沉默FUS抑制CircRHOBTB3的表達
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