基于已知的基因組序列和注釋信息，以新一代高通量轉錄組測序（RNA-Seq）數據作為輸入，根據測序數據與參考基因組的序列比對，識別新的轉錄位點（新基因）、新的可變剪接事

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以新一代高通量轉錄組測序（RNA-Seq）數據作為輸入，從頭（de novo）組裝轉錄本，構建轉錄組（Unigene庫），并對Unigene進行功能鑒定，以及結構和表達量分析。

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可以進行標準分析和個性化分析，其中標準分析包括：蛋白表達分析和蛋白注釋分析。設定參數后點擊提交進行分析，分析完成后在流程定制頁面下生成標準化結題報告，實現一鍵式

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代謝組學分析平臺基于色譜質譜等產生的數據，借助于統計學方法研究生物體內代謝物的變化狀況，促進對生物生理活動的理解。

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可以全局的展示多種RNA以及差異情況，對4種RNA之間進行共表達分析，ceRNA網絡構建，關鍵RNA篩選以及關鍵mRNA的KEGG整合通路網絡分析。

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基于參考基因組序列和nanopore轉錄組測序數據進行相關分析，內容包括：數據質控（接頭、低質量過濾），轉錄本結構分析（可變剪切、APA分析等）

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面向無任何生物信息基礎的科研工作者開發的集成式分析流程，其部署在高性能服務器上，可以快速完成數據質控、序列比對、SNP/InDel/SV突變檢測、突變注釋、突變基因

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可以進行標準分析和個性化分析，其中標準分析包括：物種分類分析（包括：群落結構分析、物種Heatmap、物種系統進化樹）、單樣品多樣性分析（α- 多樣性指數、稀釋曲線

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一款結合多年宏基因組項目分析經驗開發的一鍵式標準化集成式分析平臺：分析涵蓋了目前微生物宏基因組研究的主流分析內容，分析內容豐富全面，分析結果以結題報告的形式給出。

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一鍵式標準化基本分析和個性化多樣性分析的集成式分析平臺：通過采用三代測序技術，對微生物基因組進行測序、拼接、組裝，獲得完整微生物基因信息。

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借助一定的統計學方法，在全基因組范圍內尋找與表型差異相關的核苷酸變異的分析方法，在人類復雜疾病和動植物復雜性狀的功能基因挖掘中廣泛應用。

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一鍵式標準化分析和個性化多樣性分析集成式分析平臺．BSA分析，即集群分離分析，它是通過具有相對性狀的一對親本雜交，在其任一分離后代群體中，根據

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可以進行標準分析和個性化分析，其中標準分析包括：差異表達基因分析、基因結構分析、新基因分析等。設定參數后點擊提交進行分析，分析完成后在流程定制頁面下生成標準化

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miRNA的鑒定與預測；miRNA表達量分析；miRNA靶基因預測；miRNA靶基因注釋分類及富集等。設定參數后點擊提交進行分析，分析完成后在基本分析頁面下生成標準化

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差異表達基因分析、基因結構分析、新lncRNA預測及靶基因預測等。設定參數后點擊提交進行分析，分析完成后在流程定制頁面下生成標準化結題報告

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繪圖工具集成了多款數據展示工具，在方便總覽數據的同時，還可調整繪圖、交互查看。目前可繪制圖形：熱圖、韋恩圖、柱圖、餅圖、箱線圖、散點圖、點線圖、面積圖。

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使用矩陣數據文件進行熱圖繪制，可以對矩陣數據進行篩選，歸一化和聚類等處理。多用于不同樣品間基因表達水平聚類分析。

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本工具可對FASTA文件進行提取、合并、切分、統計等操作，適用于不同分析場景，如： 1) 組裝序列的過濾篩選； 2) 基因或其他元件的序列提??； 3) 針對不同軟件的輸入要求

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將xls/xlsx格式的excel文件轉換為tab分隔的文本文件，包含多個sheet的文件，每個sheet都會轉換為一個文本文件，文件名為sheet的名稱。

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對通過與數據庫的比對，對FASTA格式文件的序列進行功能注釋。主要關注Result/Integrated_Function.annotation.xls這個表格和KEEG分析出的代謝通路圖。

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基于局部比對算法的序列比對搜索工具。BLAST程序可根據database和infile文件序列類型自動從四種比對程序（blastn、blastp、blastx和tblastn）中選擇合適的程序。

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對給定的基因集結合注釋信息繪制GO分類富集圖、KEGG分類富集及通路富集圖，計算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相關的GO term。

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根據ID列表提取fasta序列：根據給定的序列ID，到目標序列文件中提取出對應ID的序列。注意：ID文件的后綴只能是txt、list、id，且必須為文本文件

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加權基因共表達網絡分析(WGCNA)是一種從表達數據中挖掘基因模塊（module）信息的算法，可以用于分析各種表達譜數據，不僅是芯片數據，還可以用于二代測序數據得到

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數據提取類工具，提取相應ID行信息，是按照輸入文件包含的ID列表從指定的目標文件中提取相應的行。輸入文件只能為Tab分隔的文本文件，不支持excel文件。

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使用MEGA軟件構建進化樹，畫樹輸入文件，Fasta格式，文件名必須要以.fa 或 .fas 或 .fasta 結尾。Align方法，推薦使用Muscle

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分析fasta序列的SSR(Simple Sequence Repeat)標記，用于后續的實驗分析及驗證，主要應用于轉錄本或者Unigene、CDS、EST等序列的SSR標記檢測，及標記結果的引物設計。

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