微生物數量多而復雜，在多數條件下 ，無法模擬和重現其生活的原始環境條件，致使環境中仍有99%的微生物不能得到純培養。較傳統的分類學研究手段，宏基因組操作更簡單，能夠一次獲得大量數據。較微生物多樣性測序技術，宏基因組研究的物種更完整，分辨率較高，物種鑒定準確度高，功能分析更完善。較宏轉錄組測序技術，宏基因組對樣本要求較低，更容易構建高質量文庫，價錢更低。