摘要

買麻藤屬的大部分種類廣泛分布于熱帶地區，有著廣泛的工業用途，包括繩、網以及紙的制造。盡管已經有許多研究對莖的發育過程進行了解剖研究，但在買麻藤屬植物中，調控這一發育過程的潛在分子機制仍鮮為人知。利用Oxford Nanopore技術，從羅浮買麻藤（Gnetum lofuense）莖發育的四個階段取樣，共獲得12個樣本進行全長轉錄組測序。分析結果顯示，共發現了24,151個可變剪接（AS）和134,391個可變多聚腺苷酸化（APA）。在四個發育階段中，發現可變剪接呈現動態變化，特別是內含子保留的情況，而可變多聚腺苷酸化位點的轉錄本數量沒有發現動態變化。共檢測到728個lncRNA，順式調控的靶基因數量顯著增加，而反式調控的靶標基因數量沒有變化。此外，對所有全長轉錄本的K-mean聚類分析顯示，初生生長與碳水化合物代謝和真菌防御有關，而次生生長與光合作用、氮轉運和葉片個體發育密切相關。通過加權基因共表達網絡分析和差異表達轉錄本分析發現，bHLH，GRF和MYB相關轉錄因子參與了羅浮買麻藤莖的初生生長，而AP2，MYB，NAC，PLZA和bZIP參與了羅浮買麻藤莖的次生生長。本研究結果進一步證明，納米孔測序技術為生成全長轉錄組數據和研究種子植物器官發育提供了一種經濟有效的方法。

活動信息

本期文獻秀就邀請了本文作者為大家帶來這篇文獻的詳細解讀，想詳細了解這篇文獻設計分析思路的同學歡迎參加本次直播活動：

主題：【納米孔測序技術】全長轉錄組的比較分析揭示羅浮買麻藤莖的動態變化

時間：5月25日16:00

形式：線上直播

主辦方：百邁客生物

分享嘉賓

侯晨 博士

畢業于斯德哥爾摩大學（瑞典）植物系統發育學專業，中山大學博士后，廣東省林業科學研究院助理研究員，主要研究方向為樟屬植物龍腦累積的分子機制，澳洲堅果種子，買麻藤屬發育和轉錄組。

劉紹艷 博士

畢業于南京農業大學，百邁客生物實驗研發工程師，主要負責ONT平臺各產品的相關研發工作。

活動支持

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關于文獻秀

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