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為什么全長比較轉錄組不做與表達量相關的分析？

Biomarker — Fri, 12 Mar 2032 11:47:15 +0000

（1）不同物種，多拷貝基因難以確定基因的一?一對應關系無法比較表達量；當然，單拷貝同源基因可以確定一一對應關系，但是；

（2）表達譜差異分析（例如?RPKM值比較）實際上使用的內參是?RNA總量。相同物種RNA總量穩定，所以沒有問題。但不同物種RNA總量未必相同，所以物種間的差異分析就失去了穩定的內參。因此強行比較的話，是不嚴謹的。

Q4.如何對lncRNA進行靶基因預測？

Biomarker — Fri, 07 Jan 2022 10:08:36 +0000

答：基于lncRNA與其靶基因的作用方式，我們采用2種預測方法進行lncRNA的順式靶基因和反式靶基因進行預測：
第一種，lncRNA調控其鄰近基因的表達，主要根據lncRNA與gene的位置關系預測，lncRNA 100kb范圍內的鄰近基因為其順式靶基因；
第二種，當樣本數目比較多時，通過樣本間 lncRNA 與 mRNA 的表達量相關性分析方法來預測 lncRNA的反式靶基因。

Q3.如何進行LncRNA的鑒定？

Biomarker — Fri, 07 Jan 2022 10:07:38 +0000

答：lncRNA的預測包含基本篩選和潛在編碼能力篩選兩部分。
(1)篩選長度≥200bp，Exon個數≥2，FPKM≥0.1的轉錄本序列進行后續編碼潛能預測；
(2) 應用主流的CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白結構域分析四種方法對基本篩選獲得的轉錄本進行編碼潛能預測，保留不具編碼潛能的轉錄本序列，四種方法取交集即為最后預測出的LncRNA。

Q5. 如何進行動植物的miRNA鑒定

Biomarker — Fri, 31 Dec 2021 10:21:52 +0000

答：
在已知miRNA鑒定方面，我們將比對到參考基因組的reads與miRBase（v22）數據庫中的已知miRNA的成熟序列及其上游2nt與下游5nt的范圍進行比對，最多允許一個錯配，這樣鑒定到的reads被認為是鑒定到的已知miRNA。
miRNA轉錄起始位點多位于基因間隔區、內含子以及編碼序列的反向互補序列上，其前體具有標志性的發夾結構，成熟體的形成是由Dicer/DCL酶的剪切實現的。針對miRNA的生物特征，對于未鑒定到已知miRNA的序列，百邁客利用miRDeep2軟件進行新miRNA的預測。
我們利用miRDeep2軟件包,通過reads比對到基因組上的位置信息得到可能的前體序列，基于reads在前體序列上的分布信息(基于miRNA產生特點，mature,star,loop)及前體結構能量信息(RNAfold randfold)采用貝葉斯模型經打分最終實現新miRNA的預測。miRDeep2主要用于動物miRNA的預測，通過參數的調整及打分系統的改變也可以對植物的miRNA進行預測。

Q4. miRNA命名規則是怎樣的？

Biomarker — Fri, 31 Dec 2021 10:21:03 +0000

答：
參照miRBase的命名規則：{物種名縮寫}-miR-{編號};miR-前綴后面所跟著的數字，代表命名的順序，比如，miR-124比miR-456發現得早。“miR-”代表成熟的miRNA、“mir-”代表pre-miRNA和pri-miRNA、“MIR”代表編碼miRNA的基因。
miRNA幾乎全是獨一的編碼順序，但對于擁有一兩個堿基不同的則會被標上字母以示，例如，miR-124a與miR-124b。若成熟的miRNA相同，但pre-miRNA和pri-miRNA和編碼他們的基因來自于不同的基因組，則使用數字來表示，例如，mir-194-1和mir-194-2表示兩個pre-， pri-miRNA剪切后的成熟miRNA是完全相同的，但卻是兩個不同的來源。
前綴的三個字母代表了不同的種族來源，例如，hsa-miR-194代表miRNA來源于人類，oar-miR-124來源于綿羊。
對于形成pre-，pri-miRNA莖環的兩端miRNA，通常一端在數量上遠遠超過另一端。數量優勢的一端往往稱為guide strand，而另一端被稱為passenger strand，通常被大量降解，用*號來表示，例如miR-124和miR-124*。
最新版中miRBase已經不再使用*來標記microRNA與其發夾前體互補配對位置的互補序列，而是使用“-3p”與“-5p”作為區分這兩條序列的后綴替代舊的的命名法。(參考http://www.mirbase.org/help/nomenclature.shtml)
舉例： aly-miR158b-3p， aly 代表這是Arabidopsis lyrata 物種的miRNA, -miR158b表示這是成熟的miRNA , 其中b表示還有一個miRNA序列與它相似，僅有一兩個堿基不同。 -3p 表示它從前體的3’端剪切得到。
對新預測的miRNA 我們統一用 novel_miR_{數字編號} 來命名，如 novel_miR_4974。

Q2.為什么宏基因組與微生物多樣性物種注釋結果存在差異？

Biomarker — Thu, 04 May 2017 02:34:48 +0000

微生物多樣性和宏基因組都會分析環境中物種的種類，但是物種的豐度在二者之間存在一定的差異，第一種原因是微生物多樣性是基于核糖體小亞基基因序列進行物種注釋和豐度統計，但是在不同物種中核糖體基因的拷貝數不一樣，這會帶來一些誤差；第二種原因是二者在建庫測序過程中會進行PCR反應，在PCR這個過程中也會存在一些誤差。

3、真菌基因組材料選擇有哪些注意事項？

Biomarker — Wed, 03 May 2017 09:52:26 +0000

答：對于真菌基因組測序，首先注意保證不要有雜菌的污染，需要通過核染色確定真菌基因組是單核還是多核，可通過細菌基因組調研圖來確定雜合度以及重復序列，再評估最佳的精細圖測序策略。

2、真菌基因組準完成圖是什么意思？

Biomarker — Wed, 03 May 2017 09:47:56 +0000

答：真菌基因組準完成圖是通過二代測序+三代測序+光學圖譜結合進行組裝分析，將真菌基因組組裝到近染色體的水平，組裝到近染色體不是說通過光學把組裝的scaffold掛到染色體上，意思是組裝出來的scaffold數量接近染色體的數量，是組裝完整性的一種指標。

1、真菌基因組二代+三代具體是怎么組裝的？

Biomarker — Wed, 03 May 2017 09:43:47 +0000

答：具體的組裝方法有三種，選擇組裝結果。

方法一：二代數據和三代數據測序片段混合組裝；

方法二：二代數據和三代數據分別組裝，然后再用分別組裝后的結果在congtig水平再連接組裝；

方法三：二代數據組裝，再用三代數據對二代組裝的contig進行連接到scaffold水平。

3、細菌基因組測序中比較基因組分析是什么？

Biomarker — Wed, 03 May 2017 09:25:48 +0000

答：細菌基因組比較基因組分析，主要是分析有親緣關系的細菌基因之間的差別，通過比較基因組分析親緣遠近關系，特有和共有基因以及共線性分析等，找到差異基因，對差異基因進行功能注釋，解析近緣關系細菌間生理或形態差別的原因。